現在の電子申告で、申告書を送信するにはICカードが必ず必要になります。2017年からは個人の確定申告では携帯電話による本人確認を行うことでICカードが不要になるということですが、ICカードや携帯電話での本人確認には行政側も利用者側も色々とコストがかかりますのでもっと簡素化してもよいのではと思います。
個人がインターネットバンキングを利用するような方式でいいんじゃないかと思います。利用申込を行えば、IDとパスワードが発行されてそのIDとパスワードがあれば電子送信を行えるようにします。ただし、パスワードは申込者の住所に書留で届くようにしておき利用者の住所で本人でないと受け取れないようにします。こうすれば、なりすましもある程度防ぐこともできますし、ICカードも必要ありません。
加えて、電子申告の操作は現在のようなアプリをコンピュータにダウンロードする形式ではなく、Webアプリにして、ブラウザだけですべての機能を使えるようになれば初期設定や操作方法のハードルが下がりますので利用率も上がると思います。