弥生会計シリーズは、データファイルがWindows上の1ファイルとして保持してくれているためにデータ管理にコストがかからず、柔軟な運用ができることが利点です。
参考：
なぜ会計王ではなく弥生会計を使うか
なぜ会計王ではなく弥生会計を使うか2
なぜ会計王ではなく弥生会計を使うか3
ただし、弥生シリーズのソフトがすべてそうなっているわけではありません。一部のソフトではWindows上の1ファイルとしての運用ができないようになっています。具体的には
・弥生会計プロフェッショナル2ユーザー
・弥生会計ネットワーク
・弥生販売プロフェッショナル
・弥生販売ネットワーク
については、データファイルがWindows上の1ファイルとしての運用ができません。理由は、これらのソフトのデータベースエンジンにマイクロソフトのSQL-Serverが使われてしまうからです。
（投稿者：河野周輔）