引っ越しなどで会社の本店所在地が変わって、所轄税務署もそれに伴い変わった場合には、異動前の税務署と異動後の税務署に、「住所の変更により所轄税務署が変わりましたよ」という異動届を提出することになります。この異動届を提出した後は、異動後の税務署に対して税務書類を提出していくことになるわけです。異動後の電子申告の手続としては、国税のe-taxシステムにおいて納税者の基本情報設定の中にある税務署情報を変更すれば、以降、異動後の税務署に対して税務書類を提出することができるようになります。
税理士が納税者の代理で電子申告を行っている場合には、税理士が持っている電子証明書（ICカード）は日本全国どこであっても有効ですので、税理士は特別な手続は必要ありません。
一方、税理士が納税者の代理を行うのではなく、法人納税者自身が、自分の税務書類を電子申告する場合には、法人納税者が所有している商業登記に基づく電子証明書（ICカード）が、本店所在地移転登記によって自動的に失効してしまいますので、再度、取得の手続を行う必要があるので注意が必要です。法務局の所轄が変わる、変わらないにかかわらず、本店所在地移転登記が行われれば失効してしまいます。