世のファイラには、当然備わっている機能なのですが、頻繁にアクセスするフォルダを登録しておく機能が秀丸ファイラーにもあります。秀丸ファイラーの場合、その機能を「ブックマーク」と呼びます。ブラウザのブックマークと同じように使えるということです。
ブックマーク(よく使うフォルダ)を登録する
[表示]→[サイドバー]→[ブックマーク]を選択します。
ブックマークと併せて必ず行っておきたい設定1(3列表示)
[表示]→[サイドバー]→[タブごとのフォルダ]を選択します。
左にブックマーク、真ん中にツリーフォルダ、右にファイル一覧が表示されるようになります。

ブックマークと併せて必ず行っておきたい設定2(表示の保存)
[ツール]→[オプション]から、[プログラム]タグの中の「初期サイドバー」を「全て記憶」にします。これを行わないとブックマーク部分の表示が再起動したときに表示されなくなってしまいます。