弥生会計の伝票Noの設定は、デフォルトでは「仕訳が追加された場合は自動的に伝票Noをインクリメントする」という設定になっています。伝票Noの設定は、メニューより【設定】→【帳簿・伝票設定】から行います。すると、次のような画面となりますので、【伝票No】タブを選択します。
すると、「付番方法」が「通期連番」となっています。この設定が、デフォルトの設定であり、「仕訳が追加された場合は、自動的に伝票Noをインクリメントする」という意味になります。この設定のままでいると、置換後の仕訳データをインポートすると、それは新たな仕訳データが追加されたことになってしまいますので、もともとの最終Noから、インクリメントされた伝票Noになってしまうというわけです。
（投稿者：河野周輔）